Ковальчук принял решение не продлевать контракт с томичами. Главный тренер «Томи» Валерий Непомнящий не скрывал, что заинтересован в сотрудничестве с этим игроком. Футболисту был предложен вариант продления соглашения с «Томью», которое заканчивалось в конце этого года. Но он предпочел продолжить карьеру в «Жемчужине».

29-летний Ковальчук перешел в состав сибиряков из московского «Спартака» в 2009 году. В составе томичей четырехкратный серебряный призер чемпионатов России провел 25 матчей.